Гидроэлектростанция построена в уникальных геологических и климатических условиях. Годовые колебания температуры достигают 100 градусов (от плюс 36 до минус 63 градусов). Район строительства расположен в зоне распространения вечномерзлых сильнозасоленных грунтов глубиной до 300 метров. В пределах здания ГЭС грунты находятся в талом состоянии, а под грунтовыми левобережной и правобережной плотинами - в мёрзлом состоянии. В практике гидротехнического строительства это единственный случай.
В ходе строительства ГЭС дважды была произведена цементация основания плотины, но всякий раз происходило разъедание цементного камня ввиду сильной засоленности грунтов. Потребовались дополнительные меры по укреплению основания. Специалистам «Фундаментстройаркоса» предстоит вморозить плотину в скальные грунты левого берега, используя глубинные коллекторные СОУ. В зимний период охлаждение грунта системами будет производиться естественным холодом, а в летний период с принудительным охлаждением путем подключения к холодильной машине. Такие устройства уже были опробованы при промораживании плотины на р. Лиендокит Нюрбинского ГОКа, когда необходимо было остановить фильтрацию плотины.
